Il museo fu inaugurato il 23 ottobre 2007 presso la seicentesca chiesa di Santa Maria Donnaregina Nuova, nell'arcidiocesi di Napoli, per volontà dell'arcivescovo e cardinale Crescenzio Sepe. La chiesa che costituisce la sede museale, appartiene al patrimonio del "Fondo edifici di culto" del Ministero dell'interno e il museo è gestito dall'arcidiocesi, con la sorveglianza della Soprintendenza al polo museale di Napoli. Le sezioni espositive comprendono al piano terra la navata, le cappelle (a sinistra le cappelle dell'Immacolata, del Rosario e del Carmine e a destra quelle di Sant'Antonio, dell'Annunziata e di San Francesco) e il presbiterio della chiesa, a cui si aggiungono gli ambienti ai lati e dietro il presbiterio (la sacrestia e l'antisacrestia a destra e il "comunichino" a sinistra, con i "passetti" che permettono di accedervi dalla navata e la zona "retroaltare che mette in comunicazione sacrestia e comunichino. Al primo piano le opere sono allestite nel coro delle monache, che si affaccia sul presbiterio, nel coro delle converse, sulla controfacciata, e negli ambienti a destra e a sinistra sopra le cappelle laterali. Comprendono sale dedicate ai temi della Passione di Cristo e dei sacramenti, al martirio, alla vita consacrata (monachesimo, ordini mendicanti, chierici regolari) e alle opere di misericordia. Altre sale ospitano preziosi e reliquie, le statue lignee e un piccolo lapidario. Le opere esposte comprendono dipinti di Luca Giordano, Francesco Solimena, Massimo Stanzione, Aniello Falcone, e Andrea Vaccaro e provengono sia dalla stessa chiesa di Santa Maria Donnaregina Nuova o dalla omonima chiesa vecchia, sia dal deposito del Palazzo arcivescovile, sia da numerose altre chiese di Napoli.